次に二之丸を見てみましょう。二階櫓門は、明治８年に俛焉小学校（後の総曲輪小学校）の校舎として使用されました。しかし、同１６年に同校が移転すると取り壊され、これと前後して石垣も撤去されました。また、時鐘台は明治時代になってから、西町辻（現在の西町スクランブル交差点付近）に移されましたが、同１６年には旧本丸石垣上に再度移されました。

明治２０年には西側の堀を埋め立てて、県会議事堂が新築されました。東側の堀については、同１８年に堀端に新築された富山県中学校の写真に、その一部を確認することができます。しかし、これも同３０年代初め頃には埋め立てられたようです。